异度传说THE ANIMATION4.0

自西元20XX年人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后便开始对它进行研究后来有人重建出来所谓的“神之语言”并建立电脑程式以启动原始索哈尔进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验但很不幸地从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”人类因而被迫逃亡离开地球　　到了四千年多后在故事开始前十五的T.C.4753年米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件在此次事件当中米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击并在冲突事件后消失但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知在事件后启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物都被封存在Y资料当中而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)以保护M.O.M.O.的安全　　另一方面在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年也就是大约在游戏EPI开始的时候当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是KOS-MOS是个纯粹的机械制品另一方面在EPI开始时参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击而KOS-MOS也在此时突然启动卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋以及会改变人类命运的事件当中……